В соответствие с приказом № 147 от 03.03.2011 «О внесении изменений в положения о государственных природных заповедниках и национальных парках, находящихся в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации», ФГУ «Заповедник “Комсомольский”» переданы под охрану два заказника федерального значения — «Баджальский» и «Ольджиканский». Это уникальные уголки дальневосточной природы, хорошо сохранившиеся в своём естественном состоянии.
Как сообщает отдел экопросвещения заповедника «Комсомольский», заказник «Баджальский» (охраняемая территория – 281 798 гектаров), расположен в Солнечном районе Хабаровского края, в верхней части бассейна реки Амгунь – самого крупного притока нижнего течения реки Амур. Территория заказника богата редкими и эндемичными видами растений и животных, среди которых — дальневосточный и чёрный аисты, мандаринка, горный дупель и так далее. Уникальными объектами заказника «Баджальский» считаются горы Баджальского хребта. В южной части заказника горы имеют самые высокие отметки (до 2200 метров над уровнем моря) для центральной и южной части Хабаровского края.
Заказник «Ольджиканский» (охраняемая территория –160 131,7 гектаров) расположен на территории района имени Полины Осипенко Хабаровского края, занимает частично равнину вокруг Чукчагирского озера и частично – Омельдинский хребет. Территория богата редкими и эндемичными видами растений и животных. В заказнике гнездятся многие птицы, занесённые в Красные книги России и Хабаровского края: чёрный и дальневосточный белый аисты, орлан-белохвост, орлан белоплечий, беркут, чёрный журавль, дикуша и не только. В летний период территория заказника служит местом массового отёла лося и косули. Уникальным объектом заказника «Ольджиканский» является озеро Чукчагир – крупнейшее озеро в Хабаровском крае. Чукчагир – болотно-озёрный комплекс, где гнездятся стаи водоплавающих, это места отдыха на кочевках перелётных птиц.
Напомним также, что в 2009-м году под охрану заповедника «Комсомольский» был передан заказник федерального значения «Удыль» (охраняемая территория – 134 280 гектаров), расположенный в Ульчском районе Хабаровского края. Заказник имеет статус водно-болотного угодья международного значения (Рамсарское угодье).
Заповедник «Комсомольский» уже имеет опыт по организации охраны подконтрольных территорий. Так с 1981-го года под охраной заповедника находится природный дендрарий и памятник природы краевого значения «Силинский лес», сохранённый со времён основания Комсомольска-на-Амуре.